www.iramuteq.org Git - iramuteq/blob - tabchdalc.py

   1 #!/bin/env python
   2 # -*- coding: utf-8 -*-
   3 #Author: Pierre Ratinaud
   4 #Copyright (c) 2008-2009 Pierre Ratinaud
   5 #License: GNU/GPL
   6
   7 from chemins import ConstructPathOut, ChdTxtPathOut, ConstructAfcUciPath, ffr, PathOut
   8 from functions import sortedby, CreateIraFile, print_liste, exec_rcode, check_Rresult
   9 from PrintRScript import RchdQuest
  10 from layout import OpenCHDS, PrintRapport
  11 from dialog import PrefQuestAlc
  12 from analysematrix import AnalyseMatrix
  13 import os
  14 import sys
  15 import wx
  16 import tempfile
  17 import time
  18
  19
  20 class AnalyseQuest(AnalyseMatrix):
  21     def doparametres(self, dlg = None):
  22         if dlg is not None :
  23             dial = PrefQuestAlc(self.parent, self.tableau)
  24             dial.CenterOnParent()
  25             self.val = dial.ShowModal()
  26             #parametres = self.tableau.parametre
  27             if self.val == wx.ID_OK :
  28                 self.parametres['nbcl_p1'] = dial.spin_nbcl.GetValue()
  29                 self.parametres['mincl'] = dial.spin_mincl.GetValue()
  30                 if dial.m_radioBox1.GetSelection() == 1 :
  31                     self.parametres['listact'] = dial.nactives
  32                     self.parametres['listsup'] = dial.varsup
  33                 else :
  34                     self.parametres['formatted'] = 1
  35             else :
  36                 self.parametres = None
  37             dial.Destroy()
  38            # DoQuestAlceste(parent, parametres)
  39
  40 #class DoQuestAlceste(AnalyseMatrix):
  41     def doanalyse(self):
  42         #parametres['pathout'] = ConstructPathOut(parent.tableau.parametre['filename'], 'ReinertMatrix')
  43         #self.parametres = parametres
  44         #self.parametres['type'] = 'reinertmatrix'
  45         self.DictForme = {}
  46         self.DictFormeSup = {}
  47         self.Min = 10
  48         self.Linecontent = []
  49         #self.parent = parent
  50         #self.RPath = self.parent.PathPath.get('PATHS', 'rpath')
  51         #self.dictpathout = PathOut(dirout = self.pathout)
  52         #self.dictpathout = self.pathout
  53         #self.dictpathout.basefiles(ChdTxtPathOut)
  54         #self.pathout = self.dictpathout
  55         self.clnb = ''
  56         self.ListAct = self.parametres.get('listact', False)
  57         self.ucecla = ''
  58         #dlg = wx.ProgressDialog("Traitements",
  59         #                       "Veuillez patienter...",
  60         #                       maximum=5,
  61         #                       parent=self.parent,
  62         #                       style=wx.PD_APP_MODAL | wx.PD_AUTO_HIDE | wx.PD_ELAPSED_TIME
  63         #                        )
  64
  65         #AnalyseMatrix.__init__(self, parent, parent.tableau, self.parametres, dlg = dlg)
  66
  67
  68
  69 #-----------------------------------------------------------
  70 #    def doanalyse(self) :
  71 #-------------------------------------------------------------------
  72         #self.dictpathout = self.pathout
  73         self.pathout.basefiles(ChdTxtPathOut)
  74         self.tableau.pathout.basefiles(ChdTxtPathOut)
  75 #        self.parent.tableau.dictpathout = self.dictpathout
  76
  77         self.dlg.Center()
  78         count = 1
  79         keepGoing = self.dlg.Update(count)
  80 #-------------------------------------------------------------------
  81         count += 1
  82         self.dlg.Update(count, u"passage en O/1")
  83         if 'formatted' in self.parametres:
  84             self.tableau.make_01_alc_format(self.pathout['mat01.csv'])
  85         else:
  86             print self.parametres['listsup']
  87             self.tableau.make_01_from_selection(self.parametres['listact'], self.parametres['listsup'])
  88         file = open(self.pathout['listeuce1'], 'w')
  89         file.write('num uce;num uc\n')
  90         for i in range(0, len(self.tableau.linecontent)):
  91             file.write('%i;%i\n' % (i, i))
  92         file.close()
  93         self.nbind = len(self.tableau.linecontent)
  94 #------------------------------------------------------------
  95         RchdQuest(self.pathout, self.parent.RscriptsPath, self.parametres['nbcl_p1'], self.parametres['mincl'])
  96 #------------------------------------------------------------
  97         count += 1
  98         self.dlg.Update(count, u"Analyse (patientez...)")
  99
 100         pid = exec_rcode(self.parent.RPath, self.pathout['Rchdquest'], wait = False)
 101         while pid.poll() == None :
 102             self.dlg.Pulse(u"Analyse (patientez...)")
 103             time.sleep(0.2)
 104         check_Rresult(self.parent, pid)
 105 #------------------------------------------------------------
 106         count += 1
 107         self.dlg.Update(count, u"Ecriture des résultats")
 108         self.tableau.buildprofil()
 109         self.clnb = self.tableau.clnb
 110         self.parametres['clnb'] = self.clnb
 111         self.ucecla = self.tableau.ucecla
 112         self.BuildProfile()
 113         temps = time.time() - self.t1
 114         PrintRapport(self, self, {}, istxt = False)
 115         self.tableau.save_tableau(self.pathout['db'])
 116         #CreateIraFile(self.dictpathout, self.clnb, corpname = os.path.basename(self.parent.filename), section = 'questionnaire')
 117         afc_graph_list = [[os.path.basename(self.pathout['AFC2DL_OUT']), u'Variables actives - coordonnées - facteurs 1 / 2'],
 118                          [os.path.basename(self.pathout['AFC2DSL_OUT']), u'variables illustratives - coordonnées - facteurs 1 / 2'],
 119                          [os.path.basename(self.pathout['AFC2DCL_OUT']), u'Classes - Coordonnées - facteur 1 / 2'],]
 120         chd_graph_list = [[os.path.basename(self.pathout['dendro1']), u'dendrogramme à partir de chd1']]
 121         chd_graph_list.append([os.path.basename(self.pathout['arbre1']), u'chd1'])
 122         print_liste(self.pathout['liste_graph_afc'], afc_graph_list)
 123         print_liste(self.pathout['liste_graph_chd'], chd_graph_list)
 124
 125         #self.tableau = self.parent.tableau
 126         #OpenCHDS(self.parent, self, self.dictpathout['ira'], False)
 127 #------------------------------------------------------------
 128         print 'fini', time.time() - self.t1
 129         count += 1
 130         self.dlg.Update(count, "Fini")
 131
 132     def BuildProfile(self):
 133         print 'build profile'
 134         txt = ''
 135         txt += """
 136         source("%s")
 137         """ % ffr(self.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
 138         txt += """
 139         load("%s")
 140         """ % ffr(self.pathout['RData'])
 141         txt += """
 142         dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 143         """ % ffr(self.pathout['Contout'])
 144         txt += """
 145         dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 146         """ % ffr(self.pathout['ContEtOut'])
 147         txt += """
 148         clnb<-%i
 149         """ % self.clnb
 150         txt += """
 151         tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 152         tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 153         PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],%i,"%s","%s")
 154         """ % (self.clnb, ffr(self.pathout['PROFILE_OUT']), ffr(self.pathout['ANTIPRO_OUT']))
 155         txt += """
 156         colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 157         colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 158         colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 159         colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 160         chistabletot<-rbind(as.data.frame(tablesqrpact[2]),as.data.frame(tablesqrpet[2]))
 161         ptabletot<-rbind(as.data.frame(tablesqrpact[1]),as.data.frame(tablesqrpet[1]))
 162         gbcluster<-n1
 163         write.csv2(chistabletot,file="%s")
 164         """ % ffr(self.pathout['chisqtable'])
 165         txt += """
 166         write.csv2(ptabletot,file="%s")
 167         """ % ffr(self.pathout['ptable'])
 168         txt += """
 169         write.csv2(gbcluster,file="%s")
 170         """ % ffr(self.pathout['SbyClasseOut'])
 171         if self.clnb > 2 :
 172             txt += """
 173             library(ca)
 174             rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)
 175             afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(dataet))
 176             colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 177             afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 178             debet<-nrow(dataact)+1
 179             debsup<-NULL
 180             fin<-rowtot
 181             afc<-AddCorrelationOk(afc)
 182             source("%s")
 183             """ % ffr(self.parent.RscriptsPath['Rgraph'])
 184
 185             txt += """
 186             afc <- summary.ca.dm(afc)
 187             afc_table <- create_afc_table(afc)
 188             write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 189             write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 190             write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 191             """ % (ffr(self.pathout['afc_facteur']), ffr(self.pathout['afc_col']), ffr(self.pathout['afc_row']))
 192
 193             txt += """
 194             xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 195             ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 196             xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 197             ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 198             """
 199
 200             txt += """
 201             PARCEX<-%s
 202             """ % "0.9"
 203             txt += """
 204             xyminmax <- PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 205             """ % (ffr(self.pathout['AFC2DL_OUT']))
 206             txt += """
 207             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2])
 208             """ % (ffr(self.pathout['AFC2DSL_OUT']))
 209             txt += """
 210             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col = TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2])
 211             """ % (ffr(self.pathout['AFC2DCL_OUT']))
 212         txt += """
 213         save.image(file="%s")
 214         """ % ffr(self.pathout['RData'])
 215         tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 216         tmpscript = open(tmpfile, 'w')
 217         tmpscript.write(txt)
 218         tmpscript.close()
 219         pid = exec_rcode(self.parent.RPath, tmpfile, wait = False)
 220         while pid.poll() == None :
 221             time.sleep(0.2)
 222         check_Rresult(self.parent, pid)
 223         temps = time.time() - self.t1
 224         self.minutes, self.seconds = divmod(temps, 60)
 225         self.hours, self.minutes = divmod(self.minutes, 60)