www.iramuteq.org Git - iramuteq/blob - tabchddist.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008 Pierre Ratinaud
   4 #License: GNU/GPL
   5
   6 import wx
   7 import os
   8 from chemins import ffr, ConstructPathOut,ChdTxtPathOut
   9 from functions import CreateIraFile, print_liste, exec_rcode, check_Rresult
  10 from dialog import PrefQuestAlc, ClusterNbDialog
  11 import tempfile
  12 import time
  13
  14
  15 def RchdFunct(self,parent, rep_out, CLASSIF, encode, RscriptsPath):
  16     SEUIL_CHI2_PROF=2
  17     txt=""
  18     txt+="""
  19     source("%s")
  20     """%RscriptsPath['chdfunct']
  21     txt+="""
  22     dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', na.strings = '')
  23     """%ffr(rep_out['FILE_ACT_TEMP'])
  24     txt+="""
  25     dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', na.strings = '')
  26     """%ffr(rep_out['FILE_ET_TEMP'])
  27
  28     fileout=tempfile.mktemp(dir=parent.TEMPDIR)
  29
  30     txt+="""
  31     dissmat<-daisy(dataact, metric = 'gower', stand = FALSE)
  32     chd<-diana(dissmat,diss=TRUE,)
  33     height<-chd$height
  34     sortheight<-sort(height,decreasing=TRUE)
  35     BestCLusterNb<-as.matrix(FindBestCluster(sortheight))
  36     write.csv2(BestCLusterNb,file="%s",row.names=FALSE)
  37     """%ffr(fileout)
  38     txt+="""
  39     save.image(file="%s")
  40     """%rep_out['RData']
  41     Rtmp=tempfile.mktemp(dir=parent.TEMPDIR)
  42     file=open(Rtmp,'w')
  43     file.write(txt)
  44     file.close()
  45     pid = exec_rcode(parent.RPath, Rtmp, wait = False)
  46     while pid.poll() == None :
  47         time.sleep(0.2)
  48     check_Rresult(parent, pid)
  49
  50     f=open(fileout,'rU')
  51     lcl=f.readlines()
  52     f.close()
  53     ListClasseOk=[line.replace('\n','').replace('"','') for line in lcl]
  54     ListClasseOk.pop(0)
  55
  56     clusterdlg = ClusterNbDialog(ListClasseOk, parent, -1, "Nombre de classe", size=(350, 200),
  57                      style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE
  58                      )
  59     clusterdlg.CenterOnParent()
  60
  61     # this does not return until the dialog is closed.
  62     val = clusterdlg.ShowModal()
  63
  64     if val == wx.ID_OK:
  65         if type(ListClasseOk)!=float :
  66             CLASSE_CH=ListClasseOk[clusterdlg.list_box_1.GetSelection()]
  67         else :
  68             CLASSE_CH=ListClasseOk
  69     else:
  70         print "You pressed Cancel\n"
  71     clusterdlg.Destroy()
  72     ClusterNb=int(CLASSE_CH)
  73     txt=''
  74     txt+="""
  75     load("%s")
  76     """%rep_out['RData']
  77     txt += """
  78     source("%s")
  79     """% RscriptsPath['chdfunct']
  80     txt+="""
  81     clnb<-%i
  82     """%ClusterNb
  83     txt+="""
  84     classes<-as.data.frame(cutree(as.hclust(chd), k=clnb))[,1]
  85     datatot<-cbind(dataact,dataet)
  86     dataclasse<-cbind(datatot,classes)
  87     dataactclasses<-cbind(dataact,classes)
  88     dataetclasses<-cbind(dataet,classes)
  89     afctableact<-BuildContTable(dataactclasses)
  90     afctableet<-BuildContTable(dataetclasses)
  91     tablesqrpact<-BuildProf(afctableact,dataactclasses,clnb)
  92     tablesqrpet<-BuildProf(afctableet,dataetclasses,clnb)
  93     chistabletot<-rbind(as.data.frame(tablesqrpact[2]),as.data.frame(tablesqrpet[2]))
  94     ptabletot<-rbind(as.data.frame(tablesqrpact[1]),as.data.frame(tablesqrpet[1]))
  95     cont_out<-rbind(as.data.frame(tablesqrpact[3]),as.data.frame(tablesqrpet[3]))
  96     colnames(chistabletot)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  97     colnames(ptabletot)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
  98     cont_out <- cont_out[,-ncol(cont_out)]
  99     colnames(cont_out)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 100     write.csv2(chistabletot,file="%s")
 101     """%rep_out['chisqtable']
 102     txt+="""
 103     write.csv2(ptabletot,file="%s")
 104     """%rep_out['ptable']
 105     txt+="""
 106     write.csv2(cont_out,file="%s")
 107     """%rep_out['Contout']
 108     txt+="""
 109     PrintProfile(dataclasse,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],clnb,"%s","%s")
 110     """%(rep_out['PROFILE_OUT'],rep_out['ANTIPRO_OUT'])
 111     txt+="""
 112     gbcluster<-dataclasse[ncol(dataclasse)]
 113     write.csv2(gbcluster,file="%s")
 114     """%rep_out['SbyClasseOut']
 115     txt+="""
 116     library(ca)
 117     library(cluster)
 118     afctable<-rbind(afctableact,afctableet)
 119     colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 120     afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(afctableact)+1):nrow(cont_out)),nd=(ncol(afctable)-1))
 121     debet<-nrow(afctableact)+1
 122     fin<-nrow(cont_out)
 123     source("%s")
 124     debsup<-NULL
 125     afc<-AddCorrelationOk(afc)
 126     afc <-  summary.ca.dm(afc)
 127     afc_table <- create_afc_table(afc)
 128     """%RscriptsPath['Rgraph']
 129
 130     txt+="""
 131     dendo <- as.dendrogram(as.hclust(chd))
 132     hthr<-sortheight[clnb]
 133     dendocut<-cut(dendo,h=hthr)
 134     save.image("%s")
 135     """%rep_out['RData']
 136
 137 #    txt+="""
 138 #    PARCEX<-%s
 139 #    """%'0.9'
 140 #    txt+="""
 141 #    PlotDendroComp(chd,"%s",200)
 142 #    """%rep_out['DENDROCOMP_OUT']
 143 #    txt+="""
 144 #    PlotDendroHori(dendocut$upper,"%s",200)
 145 #    """%rep_out['DENDROH_OUT']
 146 #    txt+="""
 147 #    PlotDendroCut(chd,"%s",200,clnb)
 148 #    """%rep_out['DENDROCUT_OUT']
 149     txt += """
 150     PARCEX<-%s
 151     """ % "0.9"
 152     txt += """
 153     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debet-1))
 154     """ % (rep_out['AFC2DL_OUT'])
 155     txt += """
 156     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin)
 157     """ % (rep_out['AFC2DSL_OUT'])
 158     txt += """
 159     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col = TRUE, what='coord')
 160     """ % (rep_out['AFC2DCL_OUT'])
 161     txt += """
 162     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=1, fin=(debet-1))
 163     """ % (rep_out['AFC2DCoul'])
 164     txt += """
 165     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='crl', deb=debet, fin=fin)
 166     """ % (rep_out['AFC2DCoulSup'])
 167     txt += """
 168     PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col = TRUE, what='crl')
 169     """ % (rep_out['AFC2DCoulCl'])
 170     f=open(Rtmp,'w')
 171     f.write(txt)
 172     f.close()
 173     pid = exec_rcode(parent.RPath, Rtmp, wait = False)
 174     while pid.poll() == None :
 175         time.sleep(0.2)
 176     check_Rresult(parent, pid)
 177     return ClusterNb
 178
 179
 180 class AnalyseCHDS():
 181     def __init__(self, parent, numactives, varsup):
 182         self.t1=time.time()
 183 #------------------------------------------------------
 184         self.dlg=wx.ProgressDialog("Traitements",
 185                                "Veuillez patienter...",
 186                                maximum = 7,
 187                                parent=parent,
 188                                style = wx.PD_APP_MODAL|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_ELAPSED_TIME
 189                                 )
 190         self.dlg.Center()
 191         self.count = 1
 192         keepGoing = self.dlg.Update(self.count)
 193 #-------------------------------------------------------
 194         self.Filename=parent.filename
 195         self.parent=parent
 196         self.encode=parent.encode
 197         self.numactives=numactives
 198         self.varsup=varsup
 199 #-------------------------------------------------------
 200         self.count += 1
 201         keepGoing = self.dlg.Update(self.count)
 202         #self.OnAnalyse()
 203 #-------------------------------------------------------
 204     def OnAnalyse(self):
 205         PathOut=ConstructPathOut(self.parent.tableau.parametre['filename'],'CHDS')
 206         self.pathout = PathOut
 207         dictpathout = ChdTxtPathOut(PathOut)
 208         self.dictpathout=dictpathout
 209         self.parent.tableau.dictpathout = dictpathout
 210         self.RPath=self.parent.PathPath.get('PATHS','rpath')
 211 #-------------------------------------------------------
 212         self.count += 1
 213         keepGoing = self.dlg.Update(self.count,u"lecture des données")
 214         colact = self.parent.tableau.select_col(self.numactives)
 215         colsup = self.parent.tableau.select_col(self.varsup)
 216         self.parent.tableau.make_01_from_selection(self.numactives, self.varsup, False)
 217         dictpathout['FILE_ACT_TEMP']=tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 218         savetxt(dictpathout['FILE_ACT_TEMP'],colact,fmt='%s',delimiter=';')
 219         dictpathout['FILE_ET_TEMP']=tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 220         savetxt(dictpathout['FILE_ET_TEMP'],colsup,fmt='%s',delimiter=';')
 221
 222 #-------------------------------------------------------
 223         self.count += 1
 224         keepGoing = self.dlg.Update(self.count,u"Analyse (patientez...)")
 225 #------------FIXME----------
 226         clnb=RchdFunct(self,self.parent,dictpathout, 'DIANA',self.parent.SysEncoding,self.parent.RscriptsPath)
 227         self.clnb=clnb
 228 #-------------------------------------------------------
 229         self.count += 1
 230         keepGoing = self.dlg.Update(self.count,u"Ecriture des résultats")
 231         return dictpathout,clnb
 232
 233
 234     def PrintResult(self,dictpathout,clnb):
 235         with open(self.dictpathout['SbyClasseOut'], 'rU') as filein :
 236             content = filein.readlines()
 237         content.pop(0)
 238         for i, line in enumerate(content) :
 239             line = line.replace('\n', '').replace('"', '').split(';')
 240             self.parent.tableau.classes.append([int(line[0]) - 1, int(line[1])])
 241         temps=time.time()-self.t1
 242         self.minutes, self.seconds = divmod(temps, 60)
 243         self.hours, self.minutes = divmod(self.minutes, 60)
 244         #PrintRapport(self,'quest_simi')
 245         self.parent.tableau.dictpathout = self.dictpathout
 246         self.parent.tableau.save_tableau(self.dictpathout['db'])
 247         CreateIraFile(dictpathout,clnb, corpname = os.path.basename(self.Filename), section = 'chd_dist_quest')
 248 #-------------------------------------------------------
 249         self.count += 1
 250         keepGoing = self.dlg.Update(self.count,u"Ouverture...")
 251         afc_graph_list = [[os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DL_OUT']), u'Variables actives - coordonnées - facteurs 1 / 2'],
 252                           [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DSL_OUT']), u'variables illustratives - coordonnées - facteurs 1 / 2'],
 253                           [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DCL_OUT']), u'Classes - Coordonnées - facteur 1 / 2'],
 254                           [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DCoul']), u'Variables actives - Corrélation - facteur 1/2'],
 255                           [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DCoulSup']), u'Variables illustratives - Corrélation - facteur 1 / 2'],
 256                           [os.path.basename(self.dictpathout['AFC2DCoulCl']), u'Classes - Corrélations - facteurs 1 / 2'], ]
 257         chd_graph_list = [[os.path.basename(self.dictpathout['dendro1']), u'dendrogramme à partir de chd1']]
 258         #chd_graph_list.append(['arbre1', u'chd1'])
 259         print_liste(self.dictpathout['liste_graph_afc'], afc_graph_list)
 260         print_liste(self.dictpathout['liste_graph_chd'], chd_graph_list)
 261         self.tableau = self.parent.tableau
 262         OpenAnalyse(self.parent, dictpathout['ira'], False)
 263 #-------------------------------------------------------
 264         self.count += 1
 265         keepGoing = self.dlg.Update(self.count,u"Fini")
 266
 267
 268 class ChdCluster():
 269     def __init__(self,parent):
 270
 271         dlg = PrefQuestAlc(parent, sim = True)
 272         #dlg = CHDDialog(parent,-1, u"Classification", size=(350, 400),style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
 273         dlg.CenterOnParent()
 274         self.val = dlg.ShowModal()
 275         if self.val==wx.ID_OK :
 276             numactives=dlg.nactives
 277             varsup=dlg.varsup
 278             chd=AnalyseCHDS(parent, numactives, varsup)
 279             dictpathout,clnb=chd.OnAnalyse()
 280             chd.PrintResult(dictpathout,clnb)
 281             parent.ShowTab(wx.EVT_BUTTON)
 282