www.iramuteq.org Git - iramuteq/blob - tableau.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2010 Pierre Ratinaud
   4 #License: GNU/GPL
   5
   6 import codecs
   7 import sys
   8 import xlrd
   9 import ooolib
  10 import os
  11 from copy import copy
  12 import re
  13 import htmlentitydefs
  14 import shelve
  15 from functions import DoConf
  16 from uuid import uuid4
  17 from chemins import PathOut
  18 import logging
  19
  20 log = logging.getLogger('iramuteq.tableau')
  21
  22 ##
  23 # Removes HTML or XML character references and entities from a text string.
  24 #
  25 # @param text The HTML (or XML) source text.
  26 # @return The plain text, as a Unicode string, if necessary.
  27
  28 def unescape(text):
  29     def fixup(m):
  30         #apos is not in the dictionnary
  31         htmlentitydefs.name2codepoint['apos'] = ord("'")
  32         text = m.group(0)
  33         if text[:2] == "&#":
  34             # character reference
  35             try:
  36                 if text[:3] == "&#x":
  37                     return unichr(int(text[3:-1], 16))
  38                 else:
  39                     return unichr(int(text[2:-1]))
  40             except ValueError:
  41                 pass
  42         else:
  43             try:
  44                 text = unichr(htmlentitydefs.name2codepoint[text[1:-1]])
  45             except KeyError:
  46                 pass
  47         return text # leave as is
  48     return re.sub("&#?\w+;", fixup, text)
  49
  50 def UpdateDico(Dico, word, line):
  51     if word in Dico :
  52         Dico[word][0] += 1
  53         Dico[word][1].append(line)
  54     else:
  55         Dico[word] = [1, [line]]
  56
  57 def copymatrix(tableau):
  58     log.info('copy matrix')
  59     copymat = Tableau(tableau.parent, parametres = tableau.parametres)
  60     copymat.linecontent = copy(tableau.linecontent)
  61     copymat.csvtable = copy(tableau.csvtable)
  62     copymat.pathout = copy(tableau.pathout)
  63     copymat.colnames = copy(tableau.colnames)
  64     copymat.rownb = copy(tableau.rownb)
  65     copymat.colnb = copy(tableau.colnb)
  66     if copymat.csvtable is None :
  67         copymat.open()
  68     return copymat
  69
  70 class Tableau() :
  71     def __init__(self, parent, filename = '', filetype = 'csv', encodage = 'utf-8', parametres = None) :
  72         self.parent = parent
  73         if parametres is None :
  74             self.parametres = DoConf(self.parent.ConfigPath['matrix']).getoptions('matrix')
  75             self.parametres['pathout'] = PathOut(filename, 'matrix').mkdirout()
  76             self.parametres['originalpath'] = filename
  77             self.parametres['filetype'] = filetype
  78             self.parametres['encodage'] = encodage
  79             #self.parametre['pathout'] = os.path.dirname(os.path.abspath(filename))
  80             self.parametres['mineff'] = 3
  81             self.parametres['syscoding'] = sys.getdefaultencoding()
  82             self.parametres['type'] = 'matrix'
  83             self.parametres['matrix_name'] = os.path.basename(filename)
  84             self.parametres['uuid'] = str(uuid4())
  85             self.parametres['shelves'] = os.path.join(self.parametres['pathout'], 'shelve.db')
  86             self.parametres['ira'] = os.path.join(self.parametres['pathout'], 'Matrix.ira')
  87         else :
  88             self.parametres = parametres
  89         self.pathout = PathOut(filename = filename, dirout = self.parametres['pathout'])
  90         self.csvtable = None
  91         self.sups = {}
  92         self.actives = {}
  93         self.listactives = None
  94         self.content = []
  95         self.linecontent = []
  96         self.isbinary = False
  97         self.binary = []
  98         self.firstrowiscolnames = True
  99         self.colnames = []
 100         self.firstcolisrownames = True
 101         self.rownames = []
 102         self.colnb = 0
 103         self.rownb = 0
 104         self.classes = []
 105         #self.parametres = self.parametre
 106
 107     def read_tableau(self, fileout) :
 108         d=shelve.open(fileout)
 109         #self.parametres = d['parametres']
 110         #if 'syscoding' not in self.parametres :
 111         #    self.parametres['syscoding'] = sys.getdefaultencoding()
 112         self.actives = d['actives']
 113         self.sups = d['sups']
 114         self.classes = d['classes']
 115         self.listactives = d['listactives']
 116         if 'listet' in d :
 117             self.listet = d['listet']
 118         if 'selected_col' in d :
 119             self.selected_col = d['selected_col']
 120         if 'datas' in d :
 121             self.datas = d['datas']
 122         if 'lchi' in d :
 123             self.lchi = d['lchi']
 124         if 'content' in d :
 125             self.content = d['content']
 126         d.close()
 127
 128     def open(self):
 129         print 'open matrix'
 130         self.read_csvfile()
 131         self.colnames = self.csvtable[0][1:]
 132         self.rownb = len(self.linecontent)
 133         self.colnb = len(self.linecontent[0])
 134
 135     def save_tableau(self, fileout) :
 136         d=shelve.open(fileout)
 137         d['parametres'] = self.parametres
 138         d['actives'] = self.actives
 139         d['sups'] = self.sups
 140         d['classes'] = self.classes
 141         d['listactives'] = self.listactives
 142         if 'listet' in dir(self) :
 143             d['listet'] = self.listet
 144         if 'selected_col' in dir(self) :
 145             d['selected_col'] = self.selected_col
 146         if 'datas' in dir(self) :
 147             d['datas'] = self.datas
 148         if 'lchi' in dir(self) :
 149             d['lchi'] = self.lchi
 150         d['content'] = self.content
 151         d.close()
 152
 153     def make_content(self) :
 154         self.pathout.createdir(self.parametres['pathout'])
 155         if self.parametres['filetype'] == 'csv' :
 156             self.read_csv()
 157         elif self.parametres['filetype'] == 'xls' :
 158             self.read_xls()
 159         elif self.parametres['filetype'] == 'ods' :
 160             self.read_ods()
 161         self.parametres['csvfile'] = os.path.join(self.parametres['pathout'], 'csvfile.csv')
 162         self.make_tmpfile()
 163         print self.parametres
 164         DoConf().makeoptions(['matrix'],[self.parametres], self.parametres['ira'])
 165         self.parent.history.addMatrix(self.parametres)
 166
 167     def make_content_simple(self):
 168         self.parametres['csvfile'] = os.path.join(self.parametres['pathout'], 'csvfile.csv')
 169         self.make_tmpfile()
 170         DoConf().makeoptions(['matrix'],[self.parametres], self.parametres['ira'])
 171         self.parent.history.addMatrix(self.parametres)
 172
 173     def read_xls(self) :
 174         #FIXME : encodage
 175         #print '############## ENCODING IN EXCEL #######################'
 176         #datafile = xlrd.open_workbook(self.parametre['filename'], encoding_override="azerazerazer")
 177         datafile = xlrd.open_workbook(self.parametres['originalpath'])
 178         datatable = datafile.sheet_by_index(self.parametres['sheetnb']-1)
 179         self.linecontent = [[str(datatable.cell_value(rowx = i, colx = j)).replace(u'"','').replace(u';',' ').replace(u'\n',' ').replace('\r', ' ').replace('\t', ' ').strip() for j in range(datatable.ncols)] for i in range(datatable.nrows)]
 180
 181     def read_ods(self) :
 182         doc = ooolib.Calc(opendoc=self.parametres['originalpath'])
 183         doc.set_sheet_index(0)
 184         (cols, rows) = doc.get_sheet_dimensions()
 185         for row in range(1, rows + 1):
 186             ligne = []
 187             for col in range(1, cols + 1):
 188                 data = doc.get_cell_value(col, row)
 189                 if data is not None :
 190                     ligne.append(unescape(data[1].replace(u'"','').replace(u';',' ').replace(u'\n', ' ').replace('\t', ' ').strip()))
 191                 else :
 192                     ligne.append('')
 193             self.linecontent.append(ligne)
 194
 195     def read_csv(self) :
 196         with codecs.open(self.parametres['originalpath'], 'r', self.parametres['encodage']) as f :
 197             content = f.read()
 198         self.linecontent = [line.split(self.parametres['colsep']) for line in content.splitlines()]
 199         self.linecontent = [[val.replace(u'"','').replace(u';',' ').replace('\t', ' ').strip() for val in line] for line in self.linecontent]
 200
 201     def write_csvfile(self) :
 202         with open(self.parametres['csvfile'], 'w') as f :
 203             f.write('\n'.join(['\t'.join(line) for line in self.csvtable]))
 204
 205     def make_tmpfile(self) :
 206         self.rownb = len(self.linecontent)
 207         self.colnb = len(self.linecontent[0])
 208         if self.firstrowiscolnames :
 209             self.colnames = self.linecontent[0]
 210             self.linecontent.pop(0)
 211             self.rownb -= 1
 212         else :
 213             self.colnames = ['_'.join([u'colonne', `i`]) for i in range(self.colnb)]
 214         if self.firstcolisrownames :
 215             self.rownames = [row[0] for row in self.linecontent]
 216             self.linecontent = [row[1:] for row in self.linecontent]
 217             self.colnb -= 1
 218             self.idname = self.colnames[0]
 219             self.colnames.pop(0)
 220             self.check_rownames()
 221         else :
 222             self.rownames = [`i` for i in range(self.rownb)]
 223             self.idname = u'identifiant'
 224         self.csvtable = [[self.idname] + self.colnames] + [[self.rownames[i]] + self.linecontent[i] for i in range(len(self.rownames))]
 225         self.write_csvfile()
 226
 227     def read_csvfile(self):
 228         with codecs.open(self.parametres['csvfile'], 'r', self.parametres['syscoding']) as f:
 229             self.csvtable = [line.split('\t') for line in f.read().splitlines()]
 230         self.linecontent = [line[1:] for line in self.csvtable]
 231         self.linecontent.pop(0)
 232
 233     def extractfrommod(self, col, val):
 234         return ([''] + self.colnames) + [line for line in self.csvtable[1:] if line[col + 1] == val]
 235
 236     def splitfromvar(self, col):
 237         newtabs = {}
 238         for line in self.csvtable[1:] :
 239             mod = line[col+1]
 240             if mod in newtabs :
 241                 newtabs[mod].append(line)
 242             else :
 243                 newtabs[mod] = [line]
 244         for mod in newtabs :
 245             newtabs[mod].insert(0, [''] + self.colnames)
 246         return newtabs
 247
 248     def check_rownames(self) :
 249         if len(self.rownames) == len(list(set(self.rownames))) :
 250             print u'row names ok'
 251         else :
 252             print u'les noms de lignes ne sont pas uniques, ils sont remplaces'
 253             self.rownames = [`i` for i in range(self.rownb)]
 254
 255     def make_unique_list(self) :
 256         return list(set([val for line in self.linecontent for val in line if val.strip() != '']))
 257
 258     def make_dico(self, selcol) :
 259         dico = {}
 260         for i, line in enumerate(selcol) :
 261             for forme in line:
 262                 if forme.strip() != '' :
 263                     UpdateDico(dico, forme, i)
 264         return dico
 265
 266     def select_col(self, listcol) :
 267         dc = dict(zip(listcol, listcol))
 268         selcol = [[val for i, val in enumerate(row) if i in dc] for row in self.linecontent]
 269         return selcol
 270
 271     def countmultiple(self, liscol):
 272         return self.make_dico(self.select_col(liscol))
 273
 274     def getactlistfromselection(self, listact) :
 275         selcol = self.select_col(listact)
 276         self.actives = self.make_dico(selcol)
 277         return [[val, self.actives[val][0]] for val in self.actives]
 278
 279     def make_listactives(self) :
 280         self.listactives = [val for val in self.actives if val != 'NA' and self.actives[val] >= self.parametres['mineff']]
 281
 282     def write01(self, fileout, dico, linecontent) :
 283         if self.listactives is None :
 284             self.listactives = [val for val in dico if val != 'NA' and dico[val] >= self.parametres['mineff']]
 285         out = [['0' for forme in self.listactives] for line in linecontent]
 286         for i, forme in enumerate(self.listactives) :
 287             for line in dico[forme][1] :
 288                 out[line][i] = '1'
 289         #out = [[self.rownames[i]] + out[i] for i in range(len(linecontent))]
 290         #out.insert(0,[self.idname] + self.listactives)
 291         out.insert(0, self.listactives)
 292         with open(fileout, 'w') as f :
 293             f.write('\n'.join([';'.join(line) for line in out]))
 294
 295     def make_01_from_selection(self, listact, listsup = None, dowrite = True) :
 296         selcol = self.select_col(listact)
 297         self.actives = self.make_dico(selcol)
 298         self.write01(self.pathout['mat01.csv'], self.actives, selcol)
 299         if listsup is not None :
 300             selcol = self.select_col(listsup)
 301             self.sups = self.make_dico(selcol)
 302
 303     def make_01_alc_format(self, fileout) :
 304         for i, ligne in enumerate(self.linecontent) :
 305             for forme in ligne:
 306                 if len(forme) >= 1:
 307                     if forme[0] == u'*':
 308                         UpdateDico(self.sups, forme, i)
 309                     else:
 310                         UpdateDico(self.actives, forme, i)
 311         self.listactives = [val for val in self.actives if self.actives[val][0] >= self.parametres['mineff']]
 312         table = [['0' for i in range(len(self.listactives))] for j in range(self.rownb)]
 313         for i, val in enumerate(self.listactives) :
 314             for j, line in enumerate(self.linecontent) :
 315                 if val in line :
 316                     table[j][i] = '1'
 317         #table = [[self.rownames[i]] + table[i] for i in range(len(self.rownames))]
 318         #table.insert(0, [self.idname] + self.listactives)
 319         table.insert(0, self.listactives)
 320         with open(fileout, 'w') as f:
 321             f.write('\n'.join([';'.join(line) for line in table]))
 322
 323     def printtable(self, filename, Table, sep = ';'):
 324         with open(filename, 'w') as f :
 325             f.write('\n'.join([sep.join(line) for line in Table]))
 326
 327     def buildprofil(self) :
 328         with open(self.pathout['uce'], 'rU') as filein :
 329             content = filein.readlines()
 330         content.pop(0)
 331         lsucecl = []
 332         dicocl = {}
 333         for i, line in enumerate(content) :
 334             line = line.replace('\n', '').replace('"', '').split(';')
 335             UpdateDico(dicocl, line[1], i)
 336             lsucecl.append([int(line[0]) - 1, int(line[1])])
 337         self.classes = lsucecl
 338         nlist = [[nbuce, cl] for nbuce, cl in lsucecl if cl != 0]
 339         self.ucecla = len(nlist)
 340         if '0' in dicocl :
 341             self.clnb = len(dicocl) - 1
 342         else:
 343             self.clnb = len(dicocl)
 344
 345         tablecont = []
 346         for active in self.listactives :
 347             line = [active]
 348             line0 = [0] * self.clnb
 349             line += line0
 350             for i in range(0, self.clnb) :
 351                 for uce, cl in nlist:
 352                     if cl == i + 1 :
 353                         if active in self.linecontent[uce]:
 354                             line[i + 1] += 1
 355             if sum(line[1:]) > self.parametres['mineff']:
 356                 tablecont.append([line[0]] + [`don` for don in line if type(don) == type(1)])
 357
 358         tablecontet = []
 359         for sup in self.sups :
 360             line = [sup]
 361             line0 = [0] * self.clnb
 362             line += line0
 363             for i in range(0, self.clnb) :
 364                 for uce, cl in nlist:
 365                     if cl == i + 1 :
 366                         if sup in self.linecontent[uce]:
 367                             line[i + 1] += 1
 368             tablecontet.append([line[0]] + [`don` for don in line if type(don) == type(1)])
 369
 370         self.printtable(self.pathout['ContEtOut'], tablecontet)
 371         self.printtable(self.pathout['Contout'], tablecont)
 372
 373     def get_colnames(self) :
 374         return self.colnames[:]
 375
 376     def make_table_from_classe(self, cl, la) :
 377         ln = [line[0] for line in self.classes if line[1] == cl]
 378         out = [['0' for col in la] for line in ln]
 379         for i, act in enumerate(la) :
 380             for j, line in enumerate(ln) :
 381                 if line in self.actives[act][1] :
 382                     out[j][i] = '1'
 383         out.insert(0,[act for act in la])
 384         return out
 385
 386
 387
 388 #filename = 'corpus/cent3.csv'
 389 #filename = 'corpus/agir2sortie.csv'
 390 #tab = Tableau('',filename, encodage='utf-8')
 391 #tab.parametre['csvfile'] = tab.parametre['filename']
 392 #tab.parametre['sep'] = '\t'
 393 #tab.firstrowiscolnames = True
 394 #tab.firstcolisrownames = False
 395 #tab.read_data()
 396 #tab.make_01('corpus/matrice01.csv')