www.iramuteq.org Git - iramuteq/blob - tabchdalc.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 #Author: Pierre Ratinaud
   3 #Copyright (c) 2008-2020 Pierre Ratinaud
   4 #modification pour python 3 : Laurent Mérat, 6x7 - mai 2020
   5 #License: GNU/GPL
   6
   7 #------------------------------------
   8 # import des modules python
   9 #------------------------------------
  10 import os
  11 import sys
  12 import tempfile
  13 import time
  14
  15 #------------------------------------
  16 # import des modules wx
  17 #------------------------------------
  18 import wx
  19
  20 #------------------------------------
  21 # import des fichiers du projet
  22 #------------------------------------
  23 from chemins import ConstructPathOut, ChdTxtPathOut, ConstructAfcUciPath, ffr, PathOut
  24 from functions import sortedby, CreateIraFile, print_liste, exec_rcode, check_Rresult
  25 from PrintRScript import RchdQuest
  26 from layout import OpenCHDS, PrintRapport
  27 from dialog import PrefQuestAlc
  28 from analysematrix import AnalyseMatrix
  29
  30
  31 class AnalyseQuest(AnalyseMatrix):
  32
  33     def doparametres(self, dlg = None):
  34         if dlg is not None :
  35             dial = PrefQuestAlc(self.parent, self.tableau)
  36             dial.CenterOnParent()
  37             self.val = dial.ShowModal()
  38             #parametres = self.tableau.parametre
  39             if self.val == wx.ID_OK :
  40                 self.parametres['nbcl_p1'] = dial.spin_nbcl.GetValue()
  41                 self.parametres['mincl'] = dial.spin_mincl.GetValue()
  42                 if dial.m_radioBox1.GetSelection() == 1 :
  43                     self.parametres['listact'] = dial.nactives
  44                     self.parametres['listsup'] = dial.varsup
  45                 else :
  46                     self.parametres['formatted'] = 1
  47             else :
  48                 self.parametres = None
  49             dial.Destroy()
  50             # DoQuestAlceste(parent, parametres)
  51
  52 #class DoQuestAlceste(AnalyseMatrix):
  53     def doanalyse(self):
  54         #parametres['pathout'] = ConstructPathOut(parent.tableau.parametre['filename'], 'ReinertMatrix')
  55         #self.parametres = parametres
  56         #self.parametres['type'] = 'reinertmatrix'
  57         self.DictForme = {}
  58         self.DictFormeSup = {}
  59         self.Min = 10
  60         self.Linecontent = []
  61         #self.parent = parent
  62         #self.RPath = self.parent.PathPath.get('PATHS', 'rpath')
  63         #self.dictpathout = PathOut(dirout = self.pathout)
  64         #self.dictpathout = self.pathout
  65         #self.dictpathout.basefiles(ChdTxtPathOut)
  66         #self.pathout = self.dictpathout
  67         self.clnb = ''
  68         self.ListAct = self.parametres.get('listact', False)
  69         self.ucecla = ''
  70         #dlg = wx.ProgressDialog("Traitements",
  71         #                       "Veuillez patienter...",
  72         #                       maximum=5,
  73         #                       parent=self.parent,
  74         #                       style=wx.PD_APP_MODAL | wx.PD_AUTO_HIDE | wx.PD_ELAPSED_TIME
  75         #                        )
  76         #AnalyseMatrix.__init__(self, parent, parent.tableau, self.parametres, dlg = dlg)
  77         #-----------------------------------------------------------
  78         #    def doanalyse(self) :
  79         #------------------------------------------------------------
  80         #self.dictpathout = self.pathout
  81         self.pathout.basefiles(ChdTxtPathOut)
  82         self.tableau.pathout.basefiles(ChdTxtPathOut)
  83         #self.parent.tableau.dictpathout = self.dictpathout
  84         self.dlg.Center()
  85         count = 1
  86         keepGoing = self.dlg.Update(count)
  87         #-------------------------------------------------------------------
  88         count += 1
  89         self.dlg.Update(count, "passage en O/1")
  90         if 'formatted' in self.parametres:
  91             self.tableau.make_01_alc_format(self.pathout['mat01.csv'])
  92         else:
  93             self.tableau.make_01_from_selection(self.parametres['listact'], self.parametres['listsup'])
  94         file = open(self.pathout['listeuce1'], 'w')
  95         file.write('num uce;num uc\n')
  96         for i in range(0, len(self.tableau.linecontent)):
  97             file.write('%i;%i\n' % (i, i))
  98         file.close()
  99         self.nbind = len(self.tableau.linecontent)
 100         #------------------------------------------------------------
 101         RchdQuest(self.pathout, self.parent.RscriptsPath, self.parametres['nbcl_p1'], self.parametres['mincl'])
 102         #------------------------------------------------------------
 103         count += 1
 104         self.dlg.Update(count, "Analyse (patientez...)")
 105         pid = exec_rcode(self.parent.RPath, self.pathout['Rchdquest'], wait = False)
 106         while pid.poll() == None :
 107             self.dlg.Pulse("Analyse (patientez...)")
 108             time.sleep(0.2)
 109         if not check_Rresult(self.parent, pid) :
 110             if self.dlg :
 111                 self.dlg.Destroy()
 112             return 'NOK'
 113         #------------------------------------------------------------
 114         count += 1
 115         self.dlg.Update(count, "Ecriture des résultats")
 116         self.tableau.buildprofil()
 117         self.clnb = self.tableau.clnb
 118         self.parametres['clnb'] = self.clnb
 119         self.ucecla = self.tableau.ucecla
 120         self.BuildProfile()
 121         temps = time.time() - self.t1
 122         PrintRapport(self, self, {}, istxt = False)
 123         self.tableau.save_tableau(self.pathout['analyse.db'])
 124         #CreateIraFile(self.dictpathout, self.clnb, corpname = os.path.basename(self.parent.filename), section = 'questionnaire')
 125         afc_graph_list = [[os.path.basename(self.pathout['AFC2DL_OUT']), 'Variables actives - coordonnées - facteurs 1 / 2'],
 126                          [os.path.basename(self.pathout['AFC2DSL_OUT']), 'variables illustratives - coordonnées - facteurs 1 / 2'],
 127                          [os.path.basename(self.pathout['AFC2DCL_OUT']), 'Classes - Coordonnées - facteur 1 / 2'],]
 128         chd_graph_list = [[os.path.basename(self.pathout['dendro1']), 'dendrogramme à partir de chd1']]
 129         chd_graph_list.append([os.path.basename(self.pathout['arbre1']), 'chd1'])
 130         print_liste(self.pathout['liste_graph_afc'], afc_graph_list)
 131         print_liste(self.pathout['liste_graph_chd'], chd_graph_list)
 132         #self.tableau = self.parent.tableau
 133         #OpenCHDS(self.parent, self, self.dictpathout['ira'], False)
 134         #------------------------------------------------------------
 135         print('fini', time.time() - self.t1)
 136         count += 1
 137         self.dlg.Update(count, "Fini")
 138
 139     def BuildProfile(self):
 140         print('build profile')
 141         txt = ''
 142         txt += """
 143         source("%s")
 144         """ % ffr(self.parent.RscriptsPath['chdfunct'])
 145         txt += """
 146         load("%s")
 147         """ % ffr(self.pathout['RData'])
 148         txt += """
 149         dataact<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 150         """ % ffr(self.pathout['Contout'])
 151         txt += """
 152         dataet<-read.csv2("%s", header = FALSE, sep = ';',quote = '\"', row.names = 1, na.strings = 'NA')
 153         """ % ffr(self.pathout['ContEtOut'])
 154         txt += """
 155         clnb<-%i
 156         """ % self.clnb
 157         txt += """
 158         tablesqrpact<-BuildProf(as.matrix(dataact),n1,clnb)
 159         tablesqrpet<-BuildProf(as.matrix(dataet),n1,clnb)
 160         PrintProfile(n1,tablesqrpact[4],tablesqrpet[4],tablesqrpact[5],tablesqrpet[5],%i,"%s","%s")
 161         """ % (self.clnb, ffr(self.pathout['PROFILE_OUT']), ffr(self.pathout['ANTIPRO_OUT']))
 162         txt += """
 163         colnames(tablesqrpact[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 164         colnames(tablesqrpact[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 165         colnames(tablesqrpet[[2]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 166         colnames(tablesqrpet[[1]])<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 167         chistabletot<-rbind(as.data.frame(tablesqrpact[2]),as.data.frame(tablesqrpet[2]))
 168         ptabletot<-rbind(as.data.frame(tablesqrpact[1]),as.data.frame(tablesqrpet[1]))
 169         gbcluster<-n1
 170         write.csv2(chistabletot,file="%s")
 171         """ % ffr(self.pathout['chisqtable'])
 172         txt += """
 173         write.csv2(ptabletot,file="%s")
 174         """ % ffr(self.pathout['ptable'])
 175         txt += """
 176         write.csv2(gbcluster,file="%s")
 177         """ % ffr(self.pathout['SbyClasseOut'])
 178         if self.clnb > 2 :
 179             txt += """
 180             library(ca)
 181             rowtot<-nrow(dataact)+nrow(dataet)
 182             afctable<-rbind(as.matrix(dataact),as.matrix(dataet))
 183             colnames(afctable)<-paste('classe',1:clnb,sep=' ')
 184             afc<-ca(afctable,suprow=((nrow(dataact)+1):rowtot),nd=(ncol(afctable)-1))
 185             debet<-nrow(dataact)+1
 186             debsup<-NULL
 187             fin<-rowtot
 188             afc<-AddCorrelationOk(afc)
 189             source("%s")
 190             """ % ffr(self.parent.RscriptsPath['Rgraph'])
 191             txt += """
 192             afc <- summary.ca.dm(afc)
 193             afc_table <- create_afc_table(afc)
 194             write.csv2(afc_table$facteur, file = "%s")
 195             write.csv2(afc_table$colonne, file = "%s")
 196             write.csv2(afc_table$ligne, file = "%s")
 197             """ % (ffr(self.pathout['afc_facteur']), ffr(self.pathout['afc_col']), ffr(self.pathout['afc_row']))
 198             txt += """
 199             xlab <- paste('facteur 1 - ', round(afc$facteur[1,2],2), sep = '')
 200             ylab <- paste('facteur 2 - ', round(afc$facteur[2,2],2), sep = '')
 201             xlab <- paste(xlab, ' %', sep = '')
 202             ylab <- paste(ylab, ' %', sep = '')
 203             """
 204             txt += """
 205             PARCEX<-%s
 206             """ % "0.9"
 207             txt += """
 208             xyminmax <- PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=1, fin=(debet-1), xlab = xlab, ylab = ylab)
 209             """ % (ffr(self.pathout['AFC2DL_OUT']))
 210             txt += """
 211             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", what='coord', deb=debet, fin=fin, xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2])
 212             """ % (ffr(self.pathout['AFC2DSL_OUT']))
 213             txt += """
 214             PlotAfc2dCoul(afc, as.data.frame(chistabletot), "%s", col = TRUE, what='coord', xlab = xlab, ylab = ylab, xmin = xyminmax$xminmax[1], xmax = xyminmax$xminmax[2], ymin = xyminmax$yminmax[1], ymax = xyminmax$yminmax[2])
 215             """ % (ffr(self.pathout['AFC2DCL_OUT']))
 216         txt += """
 217         save.image(file="%s")
 218         """ % ffr(self.pathout['RData'])
 219         tmpfile = tempfile.mktemp(dir=self.parent.TEMPDIR)
 220         tmpscript = open(tmpfile, 'w')
 221         tmpscript.write(txt)
 222         tmpscript.close()
 223         pid = exec_rcode(self.parent.RPath, tmpfile, wait = False)
 224         while pid.poll() == None :
 225             time.sleep(0.2)
 226         check_Rresult(self.parent, pid)
 227         temps = time.time() - self.t1
 228         self.minutes, self.seconds = divmod(temps, 60)
 229         self.hours, self.minutes = divmod(self.minutes, 60)